酒醒香销愁不胜，如何更向落花行。去年高摘斗轻盈。
夜雨几番销瘦了，繁华如梦总无凭。人间何处问多情。
民国元年(1912)2月，孙中山辞去总统职务，推荐袁世凯为临时大总统。云南得知情况后，忖度不定。时任都督府秘书长之周钟岳力陈利害，指出：袁世凯一旦掌握政权，必为中国祸害。蔡锷亦以为然，云南遂不表态。
次年(1913)，蔡锷聘钟岳为“光复史局”总纂，赵式铭、张肇兴、郭燮熙、刘润畴为编纂。同年7月完稿，共设《光复起源篇》、《光复篇》、《迤南篇》、《迤西篇》、《援蜀篇》、《援黔篇》、《西征篇（援藏篇)》、《军事变迁篇》、《建设篇》等九篇。《长篇》、《云南光复诸人事略》各1册。着手编纂至史稿完成，仅以数人心力，数月时间，完成如此艰巨任务，实属难能可贵。
1913年，任滇中观察使，辖州县凡41属之多，所到之处，严于察吏，认真贯彻鸦片禁令，颇著成效。
1914年底，钟岳进京随蔡锷任全国经界局秘书长，写成《经界法规草案》一书，编辑《中国经界纪要》、《各国经界纪要》二件。次年8月，“筹安会”为袁世凯进行帝制活动，钟岳决然反对，协助蔡锷赴天津秘密策划讨袁；钟岳专程将重要文电及密本转移到天津，复回北京。待蔡愕登船东渡密电到达后，才冒着生命危险，改名周谧，化妆为商人，偕家眷出山海关，绕道朝鲜重赴日本。
1915年12月25日，云南宣布独立，通电讨袁，组织“护国军”；“护国军”出兵黔、川和两广，造成各省相继独立，迫使袁世凯倒台身亡。对此，梁启超辈在南京演说，抹煞云南首义功绩，自称“护国之役，吾所指使也，云南何有焉?”钟岳义愤填膺，作《云南护国首义之历史谈》，以如山铁证驳斥梁启超辈捏造黑白之政治驵商行径，指出：“诚以护国之役，吾滇军政各界及全省人民皆与有力，使非吾滇人这慷慨好义，则唐公一人亦不能成功。”
1917年，张勋复辟，周钟岳积极倡导唐继尧响应孙中山护法之举：滇黔靖国联军成立，周钟岳任靖国联军总司令部秘书长。时，代总统冯国璋电胁唐继尧息兵，钟岳代拟复电强调：“惟国家之治安，全恃法律为维系”。表示：“若执政者必欲叛法而行，残民以逞，则西南各省人民宁葬死于枪林弹雨之中，而不能苟活于专制淫威之下；”严正警告冯国璋：“安危利害，只在当局一转移间而已。”迫使冯氏主和。
1918年，川中民军将领石青阳、颜德基等屡次来电请云南赞助驱逐熊克武，唐继尧开会讨论此事，钟岳竭力主张不可用兵，提出：“宜以联军司令名义劝告川军，以川军连年苦于兵战，不堪再扰；滇军宜划江而守，可以保存实力，免陷漩涡”之主张。持论颇有见地，而郭同却促唐支助石、颜倒熊，钟岳愤极，叱道：“你是什么东西，……。我们云南护国护法，连年用兵，一枪一卒，都是云南人民的膏血。你们这些空谈主战之辈，还有良心体恤我省人民的痛苦吗?”随即奋起而殴之，继尧急挽，钟岳拂衣而出。
1919年，钟岳代理省长，主持滇政，欲修明内政，稍苏民困。但因大局未定，政变突生，武人用事，诸事掣肘，一筹莫展，屡辞不获，每有余憾。1921年4月4日，军政府正式特任周钟岳为云南省长，仍坚辞，4月20日按期解职，月余后返回剑川。
1927年，“二六”政变，唐继尧倒台，周钟岳被选为省政府九委员之一，竭力主张消弭兵祸，顺应潮流，调融嫌隙，并主张自动加入国民政府，亟谋国家统一。提出精兵简政，统一指挥，共同保卫国家：然而，龙云、胡若愚、张汝骥、李选廷争权夺利，钟岳挺身而出，呼吁停战，虽制止凭城作战，然战祸依然东行，眼看省府正常工作无望，乃出省游历，不再涉及政事。